La destrucción ambiental que ha generado la construcción del Tren Maya se extiende más allá de la península de Yucatán y de las regiones por las que pasa la obra insignia del presidente Andrés Manuel López Obrador.
A unos mil kilómetros del territorio maya, en el estado de Veracruz, la extracción de toneladas de piedra basáltica para utilizarla en las vías del Tren Maya pone en peligro la conservación de la reserva de la biósfera de Los Tuxtlas, un área natural de 155 mil hectáreas protegida desde 1998 por su invaluable variedad de flora y fauna.
En el ejido de Balzapote, en la zona de amortiguamiento de la reserva de la biósfera, el gobierno federal autorizó el saqueo indiscriminado de miles de toneladas de balasto, acción que pone en riesgo el equilibrio de este ecosistema único en México.